Kong volta a reinar nessa aventura animada repleta de ação que apresenta um Kong ainda mais poderoso. O gorila gigante, recriado a partir do DNA de seu famosos ancestral misturado ao de um ser humano, chamado Jason, é o soberano de sua ilha. Mas uma antiga profecia se torna realidade, e a lendária civilização de Atlântida levantou-se do fundo do mar e Reptilla, sua rainha mal-intencionada, deseja fazer de Kong seu parceiro de trono. Preocupados com Kong, Jason e seus aliados decidem partir para impedir os planos de Reptilla e irão se deparar com animais colossais, pântanos misteriosos e nobres rebeldes. Em meio a incessantes perigos, Jason terá de tentar utilizar seus poderes especiais para juntar-se à mente do gorila e tornar-se com ele um herói virtualmente imbatível. E Só assim conseguirá salvar Kong e sua ilha.